ในการปลูกมะละกอนั้น ก็เช่นเดียวกับการปลูกต้นไม้ทั่วไป ในสวนการค้า  อาจปลูกลงในแปลงที่เตรียมไว้ได้เลย  ในกรณีที่มีเมล็ดจำนวนมาก โดยหยอดหลุมละ 5-8 เมล็ด  เมื่อต้นกล้างอกได้ประมาณ 1 สัปดาห์  ตัดให้เหลือ 3 ต้น  จนกระทั่งออกดอกจึงตัดให้เหลือเพียง 1 ต้นต่อหลุมและต้นที่เหลือไว้  ต้องเป็นต้นสมบูรณ์เพศ ในกรณีที่มีแต่ต้นตัวเมีย  ก็ตัดให้เหลือไว้เพียงต้นเดียวเช่นกัน แต่ถ้าเมล็ดมีน้อย ก็ใช้วิธีเพาะในกระบะเพาะก่อน  จากนั้นเมื่อต้นกล้ามีอายุประมาณ 2 สัปดาห์  ก็ย้ายลงถุงพลาสติกที่มีดินผสมกับทราย  อาจผสมปุ๋ยคอกได้นิดหน่อย  แต่ต้องระวังปุ๋ยคอกที่ใช้ไม่ได้ที่อาจทำให้ต้นกล้าเป็นโรคได้  จากนั้นอีกประมาณ 2-3 สัปดาห์ ก็ย้ายลงแปลงปลูกที่เตรียมหลุมไว้แล้ว  โดยขุดหลุมขนาด 50 x 50 x 50 เซนติเมตร  รองก้นหลุมด้วยปุ๋ยคอก  หลังย้ายปลูกแล้วประมาณ 4-6 เดือน มะละกอก็เริ่มออกดอก  ซึ่งสามารถแยกเพศของดอกได้ โดยทั่วๆ ไป เราต้องการต้นสมบูรณ์เพศ  เพราะให้ผลยาวเรียวและเนื้อหนา  ตลาดต้องการมากกว่าผลกลมซึ่งเกิดจากดอกตัวเมีย  บางครั้งจึงต้องปลูกหลุมละ 2-3 ต้น  เมื่อมีดอกแล้วจึงตัดทิ้งเหลือไว้ต้นเดียว คือต้นสมบูรณ์เพศ  หรือในการเก็บเมล็ดพันธุ์  เพื่อให้ได้ต้นสมบูรณ์เพศมาก  ก็ต้องทำการผสมพันธุ์ในดอกสมบูรณ์เพศชนิดอีลองกาด้า  โดยใช้ละอองเกสรจากดอกเดียวกัน  หรือดอกชนิดเดียวกัน  ซึ่งทำได้โดยเลือกดอกที่ต้องการก่อน  แล้วใช้ถุงกระดาษไข  หรือถุงผ้าขาวบางคลุมดอกไว้  เมื่อดอกพร้อมที่จะผสม คือดอกที่ตูมเต็มที่  ก็นำละอองเกสรมาผสมแล้วคลุมถุงไว้อีกประมาณ 7-10 วัน หรือสังเกตุดูว่าเริ่มติดผลแล้ว  ก็เอาถุงออกได้  รอจนผลสุกก็นำเมล็ดไปปลูกได้ต่อไป  ซึ่งเมล็ดที่ได้นี้ จะให้ต้นสมบูรณ์เพศ 2 ส่วน  ต้นตัวเมีย 1 ส่วน  ไม่มีต้นตัวผู้เลย  หลังจากออกดอกแล้วประมาณ 5 เดือนก็สามารถเก็บผลได้  และจากนี้เราจะเก็บผลไปได้เรื่อย ๆ สำหรับการใส่ปุ๋ยให้มะละกอนั้น  นอกจากปุ๋ยคอกรองก้นหลุมแล้ว  ควรให้ปุ๋ยพวกฟอสเฟตเพิ่มหรือให้ปุ๋ยสูตร 8-10-8 ในอัตรา 1 กิโลกรัมต่อต้นต่อปี  โดยให้ครั้งละน้อย ๆ  แต่บ่อยครั้ง  อาจให้เดือนละครั้ง โดยโรยรอบๆ ชายพุ่ม  อย่าให้โดนต้น  เพราะจะทำให้เกิดโรคได้ เนื่องจากมะละกอเป็นไม้เนื้ออ่อน  เมื่อโดนปุ๋ยจะเกิดแผล  ทำให้โรคเข้าทำลายได้ง่าย  มะละกอแม้ว่าจะปลูกง่าย โตเร็ว แต่ก็มีศัตรู คือโรคและแมลงเข้าทำลายได้ง่ายเช่นกัน  ซึ่งทำให้ผลผลิตลดลงหรือตายได้