ดังได้กล่าวมาแล้วถึงวิธีการเพาะเห็ดฟางแบบกองสูงและกองเตี้ยว่า วิธีการต่าง ๆ เหล่านี้จะไม่มีการฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ใด ๆ ทั้งสิ้น ทั้งนี้เพราะการเพาะเห็ดฟางดังกล่าวเป็นการอาศัยให้จุลินทรีย์ย่อยอาหารที่เชื้อเห็ดฟางไม่สามารถย่อยได้ ให้อยู่ในรูปที่เห็ดฟางนำเอาอาหารไปใช้ได้ พร้อมกันนั้นยังอาศัยความร้อนจากการย่อยอาหารของจุลินทรีย์เพื่อช่วยกระตุ้นการเจริญเติบโตของเชื้อเห็ดฟางอีกด้วย ด้วยเหตุนี้ผลิตผลของเห็ดฟางจึงขึ้นอยู่กับการทำงานของจุลินทรีย์ และนอกจากนี้จุลินทรีย์เหล่านี้ บางชนิดอาจเป็นโทษต่อเชื้อเห็ดฟางก็มี ดังนั้นจะเห็นได้ว่าการเพาะเห็ดฟางไม่ว่ากองสูงหรือกองเตี้ย ผลผลิตไม่แน่นอนและไม่สมํ่าเสมอต้องอาศัยสภาพดินฟ้าอากาศ ไม่สามารถเพาะซ้ำที่เดิมได้ ด้วยเหตุผลดังกล่าวจึงได้มีการศึกษาหาวิธีการเพาะเห็ดฟางให้ได้ผลผลิตที่แน่นอนและสามารถทำเป็นการค้าได้ ชึ่งวิธีดังกล่าวให้ชื่อว่า “การเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม” ซึ่งเป็นการปรับปรุงทุกสิ่งทุกอย่างให้ได้ตามความต้องการของเห็ดฟาง และแก้ปัญหาเรื่องโรคและแมลงศัตรูเห็ดฟางด้วย
ข้อดีในการเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม
1. ให้ผลผลิตสูงและสม่ำเสมอ
2. สามารถใช้วัสดุที่มีราคาถูก ส่วนมากเป็นวัสดุที่เหลือใช้จากเกษตรกรรมและอุตสาหกรรม เช่น ดินถั่วต่าง ๆ โดยใช้ดินถั่วเหลืองและถั่วลิสง ขี้ฝ้าย ไส้นุ่น ผักตบชวา ต้นกล้วยและชานอ้อย เป็นต้น
3. เพาะได้ทุกฤดู โดยเฉพาะอย่างยิ่งฤดูหนาวหรือฤดูฝน วิธีนี้เหมาะสม เป็นอย่างมาก
4. เพาะได้ในพื้นที่จำกัดกล่าวคือ หลังจากเก็บผลผลิตหมดและเอาปุ๋ย เก่าออกไปแล้ว สามารถเพาะต่อในที่เดิมได้เลย ภายใน 1 เดือน จะเพาะได้ 2 ครั้ง
5. ใช้เวลาในการเพาะนับตั้งแต่เริ่มหมักปุ๋ย จนกระทั่งเก็บดอกใช้เวลาไม่ เกิน 15 วัน ซึ่งนับว่าใช้ระยะเวลาสั้นมาก
6. ปัญหาเรื่องแมลงศัตรูเห็ดมีน้อยกว่า เช่น เชื้อรา แบคทีเรีย ไร มด เป็นต้น .
7. สามารถทำให้ขนาด สีสรร และลักษณะต่าง ๆ ได้ตามที่ตลาดต้องการ
8. วัสดุหลังจากเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม สามารถนำไปเพาะเห็ด ต่าง ๆ ได้โดยไม่ต้องเติมอาหาร หรือผ่านการหมักใหม่ หรือไม่ต้องใช้ปุ๋ยวิทยาศาสตร์เข้าช่วย
9. โรงเรือนเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม สามารถนำไปใช้เพาะ อย่างอื่นได้ทันทีโดยไม่ต้องดัดแปลงแก้ไข
ข้อเสียของการเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม
1. การลงทุนครั้งแรกสูงมาก เพราะจะต้องมีโรงเรือน เครื่องกำเนิดไอน้ำ และอุปกรณ์อื่น ๆ อีก
2. มีขั้นตอนในการเพาะมาก กล่าวคือ จะต้องหมักปุ๋ยที่จะใช้เพาะเสีย ก่อน จึงนำมาตีให้ละเอียดใส่ในโรงเรือน เลี้ยงเชื้อรา อบฆ่าเชื้อ โรยเชื้อ ปรับ อุณหภูมิ ความชื้นและให้อากาศ เป็นต้น
3. มีเทคนิคและวิธีการละเอียด สลับซับซ้อนมาก ดังนั้นจึงจำเป็นต้อง เป็นผู้ที่ชำนาญและมีเวลาว่างจริง ๆ
4. หากปรับสภาพแวดล้อม หรือทำไม่ถูกวิธีแล้ว ถ้าเสียจะเสียทั้งหมด
ที่อยู่ในโรงเรือน
การเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม เป็นวิธีที่ใช้ความรู้ทางด้านการเกษตรแผนใหม่เข้าช่วยในทุกขั้นตอนของการเจริญเติบโต จนกระทั่งออกดอกรวมทั้งอาหารที่ใช้เพาะเห็ดต้องให้สอดคล้องกับอุปนิสัย และความต้องการของเห็ดฟาง ผู้ที่จะเพาะเห็ดฟางแบบนี้ให้ได้ผลควรทดลองทำการเพาะเห็ดฟางแบบกองสูง และกองเตี้ยให้ได้ผลเสียก่อน โดยการเฝ้าสังเกต อุณหภูมิ ความชื้น และลักษณะของเส้นใยเห็ดทุกวัน นับตั้งแต่เริ่มปฏิบัติการจนกระทั่งถึงเก็บผลผลิตดอกเห็ด
