ปัญหาที่อาจเกิดขึ้นในการเพาะเห็ดฟางแบบอุตสาหกรรม

1. เชื้อราเกิดขึ้นน้อย อาจเกิดจากอาหารไม่พอ ตีปุ๋ยพร้อมทั้งการนำไป วางบนชั้นแน่นเกินไป หรืออาจเป็นด่างจัดเกินไป

2. มีวัชเห็ดเกิดขึ้น เนื่องจากฆ่าเชื้อไม่ตาย เพราะอุณหภูมิไม่ถึงหรือ ไอนํ้าร้อนชอนไชเข้าไม่ทั่วปุ๋ย เพราะปุ๋ยแน่นเกินไป หรือเนื่องจากเชื้อเห็ดไม่บริสุทธิ์

3. มีกลิ่นแอมโมเนียมากและมีกลิ่นอยู่นาน อาจเนื่องจากเติมปุ๋ยยูเรีย มากเกินไปหรือใช้หินปูนแทนปูนขาว หรือปุ๋ยแน่นเกินไป

4. เส้นใยแห้งตาย อาจเนื่องจากเปิดพัดลมนานเกินไป หรือไม่มีการ

รดนํ้า

5. เส้นใยเดินแล้วหยุดเดิน อาจเนื่องจากเชื้อเห็ดไม่บริสุทธิ์ ฆ่าเชื้อ จุลินทรีย์ไม่ตาย เชื้อเห็ดแก่เกินไป หรือปุ๋ยแน่นเกินไป

6.  เส้นใยไม่ยอมรวมตัวกันดอก เนื่องจากไม่ได้รับแสง เส้นใยเสื่อมคุณภาพหรืออากาศร้อนเกินไป

7. เกิดดอกเล็ก ๆ และฝ่อตาย อาจเนื่องจาก

7.1 เชื้อเห็ดอ่อนหรือเสื่อมคุณภาพเนื่องจากต่อเชื้อ

7.2 โรงเรือนสะสมเชื้อโรค ฉะนั้นชั้นควรทำด้วยตาข่ายหรือไม้ไผ่

7.3 เส้นใยได้รับกระทบกระเทือนหรือแมลงกัด

7.4 ขาดอากาศ เนื่องจากมีอากาศเสียหรือรดน้ำมากเกินไปถูกดอกเล็ก ทำให้น้ำกันไม่ให้อากาศเข้า

7.5 อุณหภูมิเปลี่ยนแปลงรวดเร็วเกินไป

8.  ผิวด้านบนของดอกเห็ดเป็นเส้นใยฟู เนื่องจากอากาศร้อน หรือ อากาศไม่ถ่ายเท

9.  แมลงต่าง ๆ รบกวน ควรฉีดมาลาไทออนหรือคาร์บาริล นอกโรง เพาะ หรือถ้าเห็นตัวควรใช้ผงซักฟอกผสมน้ำราดให้ถูกตัว