พริกขี้หนูหัวเรือ มีการขยายพันธุ์ที่ปลูกกันมากโดยเฉพาะในเขต จ.อุบลราชธานี  แต่ที่ผ่านมาเกษตรกรที่ปลูกพริกสายพันธุ์นี้พบปัญหาเรื่องผลผลิตต่อไร่ต่ำลงเรื่อยๆ เนื่องจากมีการเก็บเมล็ดพันธุ์เองและไม่มีการคัดเลือกสายพันธุ์

ต่อมาศูนย์วิจัยพืชสวนศรีสะเกษาได้ใช้เวลาประมาณ 7 ปีในการคัดเลือกพันธุ์พริกหัวเรือแบบสายพันธุ์บริสุทธิ์ สุดท้ายได้ทำการทดสอบสายพันธุ์ในไร่ของเกษตรกรได้พริกขี้หนูหัวเรือพันธุ์ใหม่ที่ให้ผลผลิตสูงกว่าพันธุ์ที่เกษตรกรเก็บพันธุ์เองถึง 14℅ ขนาดของทรงพุ่มเล็กกะทัดรัด มีความสูงและเส้นผ่าศูนย์กลางของต้นประมาณ 80-90 เซนติเมตรเท่านั้น มีอายุการเก็บเกี่ยวเร็วคือ 90 วัน หลังจากย้ายปลูกลงแปลง

ที่สำคัญเป็นพริกที่มีขนาดผลสม่ำเสมอและให้ผลผลิตดกมาก มีความยาวของผลเฉลี่ย 7-8 เซนติเมตร จัดเป็นพริกขี้หนูผลใหญ่ที่มีความเผ็ดมาก  นอกจากนั้นยังจัดเป็นพริกขี้หนูที่มีกลิ่นหอม เมื่อผลแก่มีสีแดงสดใช้รับประทานสดหรือแปรรูปเป็นพริกขี้หนูแห้งจะได้พริกขี้หนูที่มีขนาดใหญ่และสีแดงสวย จำหน่ายได้ราคาสูงเฉลี่ยกิโลกรัมละ 50 บาท

เคล็ดลับกับการปลูกพริกหัวเรือพันธุ์ใหม่ให้ทันช่วงราคาสูง  เริ่มเพาะต้นกล้าพริกตั้งแต่กลางเดือนกรกฎาคม-กาลเดือนสิงหาคม เพื่อจะปลูกในเดือนกันยายน  ในช่วงดังกว่าวฝนตกชุกที่สุดจะทำให้ต้นกล้าเน่า  เพราะน้ำขังหรือดินแน่น  จากนั้นเพาะต้นกล้าในแปลงเพาะกล้าหรือถาดละ 104 หลุม ก่อนเพาะ 1 วัน ต้องนำไปแช่น้ำอุ่น 55°c (น้ำเย็น 1 ส่วน + เดือด 1 ส่วน) นาน 20 นาที เพื่อฆ่าเชื้อแอนแทรคโนส (กุ้งแห้ง) ที่ติดมากับเมล็ดพันธุ์ได้ แช่เมล็ด 1 คืน จึงเพาะในกระบะหลุมละ 1 เมล็ดกลบดิน เก็บถาดในที่ร่มรำไร หรือมีตาข่ายพรางแสงอย่าให้ถูกฝนโดยตรง หลังจากงอกได้ 15 วัน พ่นน้ำหมักชีวภาพ หรือปุ๋ยทางใบพ่นทุก 7-10 วัน ไม่ควรใช้ยูเรีย เพราะต้นกล้าจะอวบเกินไป เมื่อต้นกล้าอายุ  เดือน นำมาปลูกได้