การเก็บเมล็ดพันธุ์พืชมีอยู่หลายวิธีด้วยกัน ขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ของผู้ใช้ในการดำเนินงานการเก็บ ระยะเวลาและทุนที่ใช้ในการดำเนินงาน การเก็บเมล็ดพันธุ์นอกจากจะต้องมีการควบคุมปัจจัยต่างๆ ที่กล่าวมาแล้ว จำต้องมีเรือนโรงและภาชนะสำหรับเก็บให้ถูกต้องอีกด้วย วิธีการเก็บเมล็ดพันธุ์พืช ที่ควรนำมาใช้ได้แก่
การเก็บแบบบรรจุใส่ภาชนะที่ปิดสนิท
ในเมื่อเมล็ดพันธุ์พืชที่ต้องการเก็บมีจำนวนน้อย ซึ่งเหมาะสำหรับเกษตรกรทั่วๆ ไป อาจจะใช้เก็บไว้ในขวดกระป๋อง ถังโลหะ ตุ่ม ถุงพลาสติค ฯลฯ ที่สามารถปิดได้สนิทด้วยเกลียวหรือผนึก เพื่อป้องกันความชื้นและโรคแมลงศัตรูพืชจากภายนอกได้ การเก็บด้วยวิธีดังกล่าวจำเป็นต้องนำเมล็ดให้แห้งมากกว่าปกติ อาจจะต้องใช้วิธีอบ (ความชื้นไม่เกิน 5 เปอร์เซ็นต์) เพื่อป้องกันปฏิกิริยาทางชีวเคมีภายในเมล็ดที่จะก่อให้เกิดความร้อน น้ำและแก๊สคาร์บนอไดอ๊อกไซด์ขึ้นในที่เก็บ ซึ่งจะทำให้เมล้ดเสียเร็วกว่าปกติและจะต้องวางภาชนะที่เก็บเมล็ดพันธุ์ไว้ภายในห้องหรือโรงเรือนที่ป้องกันความร้อนจากแสงแดดความชื้นจากภายนอกได้ดี
การเก็บแบบรวมเมล็ดไว้เป็นจำนวนมากๆ
การเก็บเมล็ดพันธุ์พืชที่มีจำนวนมากๆ และไม่ต้องการเก็บไว้เป็นเวลานาน ควรจะเก็บแบบรวมกันในรูปเป็นเมล็ดในยุ้งหรือแงที่ทำด้วยโลหะ ไม้ คอนกรีตอัดแรง หรือถังเก็บขนาดใหญ่(ไซโล) ก็ได้เมล็ดพันธุ์ที่นำมาเก็บต้องมีความชื้นในระดับปกติประมา 13% โดยมีหลักการที่จะป้องกันอุณหภูมิความชื้น และศัตรูจากภายนอกไม่ให้เข้าไปสู่เมล็ดพันธุ์ ฝาผนังไม่มีรอยรั่วหรือช่องต่างๆ เพื่อให้เหมาะสำหรับการรมยาฆ่าแมลงและควรใช้วัตถุทนไฟในการก่อสร้าง การก่อสร้างด้วยไม้อาจมีราคาถูก แต่ไม่สามารถป้องกันอุณหภูมิความชื้น หนู และแมลงโรคพืชจากภายนอกได้ แบบที่ใช้ทั่วไปโดยเฉพาะส่วนที่เก็บเมล็ดพืชทั้งด้านบนและด้านข้างจะต้องอยู่ภายใต้ของหลังคาทั้งหมด พื้นควรยกให้สูงจากระดับดิน เพื่อป้องกันน้ำท่วมและความชื้นจากดิน ไม่ควรมีหน้าต่างหรือช่องลม ประตูจะต้องปิดให้สนิท และเป็นแบบเปิดปิดได้ในแนวนอนตามปริมาณของเมล็ดพันธุ์ที่เก็บ มีพัดลมสำหรับดูดความร้อนที่เกิดจากเมล็ดรวมกันมากๆ ออกสู่ภายนอกได้ ควรจะติดตั้งปรอทสำหรับวัดอุณหภูมิภายใน โดยมีหน้าปัทม์สำหรับตรวจสอบอยู่ภายนอกได้ตลอดเวลา เมล็ดพืชที่จะเก็บด้วยวิธีนี้ควรมีความชื้น 10-13 เปอร์เซ็นต์
การเก็บแบบบรรจุภาชนะ
เมล็ดพันธุ์พืชที่พร้อมจะจำหน่ายหรือจัดส่งไปใช้ปลูกในปัจจุบันนิยมบรรจุในกระสอบ ถุงผ้า ถุงกระดาษหรือถุงพลาสติค อย่างไรก็ดี กระสอบไม่สามารถป้องกันแมลงและความชื้นจากภายนอกเข้าไปยังเมล็ดพันธุ์ได้ นอกจากนี้กระสอบที่ใช้ยังมีขนาดใหญ่เกินไป ไม่สะดวกต่อการขนย้ายอีกด้วย ปัจจุบันได้มีการใช้ถุงกระดาษที่มีถุงพลาสติค ภายในเพิ่มขึ้น ซึ่งเหมาะสำหรับเมล็ดพันธุ์ ที่มีความชื้นต่ำพอเหมาะกับการบรรจุภาชนะดังกล่าว การเก็บเมล็ดพันธุ์ที่บรรจุในภาชนะแล้วในโรงเรือน ควรวางซ้อนกันให้สูงขึ้นไป และมีช่องทางเดินสำหรับเข้าตรวจสอบ ตลอดจนการขนย้ายได้สะดวก และจะต้องกองให้มั่น ไม่ล้มง่ายควรวางภาชนะบรรจุเมล็ดพันธุ์ให้ห่างจากฝาผนังโดยรอบอย่างน้อย 50 ซม. เพราะสูงจากพื้นดินโดยมีไม้รองประมาณ 20 ซม. เพื่อป้องกันความร้อนและความชื้นที่อาจซึมขึ้นมาจากพื้น เมล็ดพันธุ์ที่เก็บด้วยวิธีนี้ควรมีความชื้น 8-10 เปอร์เซ็นต์
ก่อนและหลังนำเมล็ดพันธุ์เข้าเก็บ ควรทำความสะอาดบริเวณภายในโรงเก็บด้วยยาฆ่าแมลง ประเภทไพรีโนนผง นอกจากนี้ส่วนต่างๆ ที่ชำรุดควรซ่อมให้เรียบร้อย ป้องกันหนูและแมลงเข้าไปทำลายเมล็ดพันธุ์ และควรมีการตรวจสอบอยู่เสมอ เพื่อแก้ปัญหาเกี่ยวกับการชำรุดของภาชนะที่ใช้บรรจุรอยรั่วของหลังคา
การเก็บแบบควบคุมอุณหภูมิและความชื้น
การเก็บเมล็ดพันธุ์ด้วยวิธีนี้ต้องมีการลงทุนและเสียค่าใช้จ่ายในระหว่างการเก็บสูง เหมาะสำหรับใช้เก็บเมล็ดพันธุ์ที่จำเป็นสำหรับผสมพันธุ์พืช เช่น เมล็ดพันธุ์คัดและเมล็ดพันธุ์หลัก ซึ่งเป็นเมล็ดพันธุ์ที่สูญเสียความงอกได้ง่าย และจำเป็นสำหรับการเก็บเมล็ดพันธุ์ ในท้องถิ่นที่มีอุณหภูมิและความชื้นสูงในฤดูร้อน ซึ่งเป็นตัวเร่งให้เมล็ดพันธุ์พืชเกิดการหายใจเพื่อคายความร้อย ซึ่งเป็นตัวเร่งให้เมล็ดพันธุ์พืชเกิดการหายใจเพื่อคายความร้อน น้ำและแก๊สคาร์บอนไดออกไวด์เร็วขึ้น นอกจากนี้ยังทำให้การเจริญเติบโตของเชื้อโรคต่างๆ เร็วขึ้นอีกด้วย การเก็บวิธีนี้ต้องมีการควบคุมอุณหภูมิและความชื้นภายในโรงเก็บให้พอเหมาะกับการรักษาเมล็ดพันธุ์พืช โดยการสร้างโรงเรือนคอนกรีต ผนังและเพดานมีแผ่นชนวนกันความร้อนและความชื้นจากภายนอก ซึ่งอาจทำด้วยแผ่นพลาสติค โฟม ยางแอสฟัลท์หรือแผ่นอลูมิเนียม มีเครื่องทำความเย็นควบคุมความชื้น แบบอัตโนมัติตลอดเวลา ด้านหน้าควรมีระเบียงสำหรับติดตั้งเครื่องควบคุมอุณหภูมิและความชื้น มีประตูธรรมดาชั้นนอกและประตูที่เก็บเมล็ดพันธุ์ ซึ่งมีประเด็นป้องกันการซึมเข้าออกของอุณหภูมิและความชื้น โดยปกติต้องควบคุมให้มีอุณหภูมิระหว่าง 5 ถึง 10 องศาเซลเซียส ความชื้นสัมพัทธ์ของอากาศภายในประมาณ 45-60 เปอร์เซ็นต์ ข้อดีของการเก็บเมล็ดพันธุ์พืชด้วยการควบคุมอุณหภูมิความชื้นได้แก่
1. ป้องกันการเจริญของโรคและแมลงได้ จึงไม่จำเป้นต้องคลุกยา หรือสารเคมี หรือรมยา ซึ่งอาจทำให้ความงอกเสียไป
2. ทำให้เมล็ดพืชมีลักษณะสดและใหม่เสมอ
3.ทำให้สามารถควบคุมน้ำหนักของเมล็ดพันธุ์พืชที่นำเข้าเก็บได้ เพราะน้ำหนักจะสูญหายไปน้อยที่สุด
4. ทำให้หยุดยั้งการเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีภายในเมล็ด ซึ่งจะทำให้รักษาความงอกงามของเมล็ดไว้ได้เป็นเวลานาน