หนอนเจาะลำต้น เป็นแมลงที่ป้องกันกำจัดได้ยากมาก  เนื่องจากแมลงทำลายอยู่ภายใน  ส่วนใหญ่เป็นหนอนผีเสื้อหรือด้วงปีกแข็ง

วิธีการกำจัด

1. สำหรับไม้ยืนต้น เช่น ไม้ผล ควรใช้ยารมควัน เช่น ฟอสท็อกซิน คลอโรฟอร์ม ฟอร์มาลิน เป็นต้น ใส่เข้าไปในรู แล้วปิดรูด้วยดินให้สนิท  หรืออาจใช้ยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพในทางระเหยได้ดี เช่น ไดโบรม มาลาไธออน ฉีดด้วยหลอดฉีดยาเข้าไปภายในรู แล้วปิดให้สนิท

2.  หนอนเจาะลำต้นข้าวฟ่างและถั่วเขียว  ควรใช้ยาฆ่าแมลงที่มีคุณสมบัติดูดซึมเข้าไปภายในเซลล์พืชได้ดี เช่น ฟูราแดน เทมมิค มาลาไธออน เมทาซีสท็อก