พันธุ์ไม้ที่ใช้เป็นไม้กระถางนั้นมิใช่ชอบใจพันธุ์ไม้อะไรแล้วจะนำมาปลูกเป็นไม้กระถางก็ได้ เพราะพันธุ์ไม้บางอย่าง ไม่อาจนำมาปลูกเป็นไม้กระถางได้เพราะต้องการสภาพแวดล้อมในกระถางที่กว้างขวาง เช่นเราจะเอามะม่วงมาปลูกเป็นไม้กระถางนั้นย่อมทำได้ยาก ความชื้นในดินในกระถางไม่เหมือนกับความชื้นในดินบนพื้นดินตามธรรมชาติ

ในขณะเดียวกันก็มีพันธุ์ไม้มากมายหลายชนิดที่ชอบอยู่ในกระถาง เช่น พวกกล้วยไม้จำนวนมาก พวกปรง พวกเฟิร์น พวกนี้หากปลูกลงดินอาจตายได้ง่าย ๆ ด้วยซํ้าไป ดังนั้นในขั้นแรกจะต้องเข้าใจในลักษณะธรรมชาติเสียก่อนว่า พันธุ์ไม้ชนิดนี้จะสามารถเจริญเติบโตได้ดีในภาชนะหรือ ในกระถางที่มีพื้นที่จำกัดหรือไม่

พันธุ์ไม้หลายชนิดที่มีการขยายพันธุ์ด้วยการเพาะเมล็ดและเป็นพันธุ์ไม้ที่มีรากแก้วแล้ว ส่วนใหญ่จะไม่สามารถอยู่ในกระถางได้ดี ถ้าหากนำมาปลูกในกระถางนาน ๆ อาจจะแทงรากแก้วลงดินไป ถ้าตั้งกระถางอยู่บนพื้นดิน ถ้าแทงรากลงพื้นดินไม่ได้ก็อาจจะดันจนกระถางแตกออกเอง ถ้าท่านปลูกต้นไม้อยู่เสมอหรือมีประสบการณ์มาพอ จะเห็นว่าต้นไม้ในกระถางบางต้นที่ตั้งอยู่บนพื้นดินงามผิดปกติกว่าต้นอื่น แต่เมื่อไปยกกระถางนั้นขึ้นแล้วยกไม่ขึ้นเพราะรากในกระถางลงไปหากินในพื้นดินเสียแล้ว หากรากยังเล็กก็อาจจะตัดรากที่ลงดินนั้นได้ แต่หากรากใหญ่ไปแล้วเมื่อตัดรากก็อาจททำให้ต้นไม้กระถางต้นนั้นตายได้ หรือเวลาท่านไปหาซื้อต้นไม้ที่เขาปลูกไว้ในกระถางตั้งเรียงไว้บนพื้นดิน ท่านเห็นต้นไหนงามและโตกว่าต้นอื่นท่านก็อยากได้แต่ยก กระถางไม่ขึ้นก็เพราะต้นนั้นรากหยั่งลงดินลึกเสียแล้ว มีทางเดียวก็คือต้องขุดต้นไม้ที่อยู่ในกระถางนั้นขึ้นมาทั้งกระถาง บางรายจะตั้งทิ้งไว้จนกระทั้งต้นโตใหญ่ออกดอกออกผลก็มี เช่น ขนุน มะม่วง สาเก ต้นไทร ต้นหางนกยูงฝรั่ง ต้น ชมพูพันธุ์ทิพย์ ต้นปาล์ม โดยเฉพาะต้นปาล์ม หรือพวกต้นไผ่ ซึ่งเป็นต้นไม้พวกรากฝอยไม่มีรากแก้ว ถึงแม้รากจะลงดิน จากกระถางแล้วก็ยังมีโอกาสรอดตายได้ดีกว่าพวกไม้กระถาง ที่มีรากแก้ว หากเราดึงหรือถอนขึ้นมาจากพื้นดินทั้งกระถาง วิธีที่ดีก็คือใช้มีดคม ๆ หรือกรรไกรตัดรากที่ลงดินให้ชิดขอบก้นกระถางจะไม่ทำให้รากบอบชํ้า ซึ่งจะเป็นเหตุให้เกิดโรครากเน่าตายได้ภายหลัง

พันธุ์ไม้ที่ใช้เป็นไม้กระถางได้ดี ส่วนใหญ่จึงเป็นพันธุ์ไม้ ที่ไม่มีรากแก้ว นอกเสียจากจะนำพันธุ์ไม้เหล่านั้นมาทำเป็นไม้แคระเล่นซึ่งก็ต้องมีวิธีการตัดรากแก้วเป็นเรื่องของไม้แคระอีกเรื่องหนึ่ง พันธุ์ไม้ที่ใช้เป็นไม้กระถางได้ดีแต่มีรากแก้วเพราะลักษณะประจำพันธุ์ของมันเป็นอย่างนั้น หากเราจะนำมาใช้เป็นไม้กระถางจริง ๆ ก็อาจใช้วิธีขยายพันธุ์ด้วยการตอนกิ่งมาปลูก กิ่งตอนนั้นก็จะเป็นต้นไม้ใหม่ ที่ไม่มีรากแก้วเช่นต้นไทร ส่วนพวกต้นไม้ที่ไม่มีรากแก้ว และนำมาใช้เป็นไม้กระถางได้ดีนั้นมีมากมายเช่น พวกปาล์มต่าง ๆ มีหมากเหลือง หมากแดง หมากเขียว จั๋ง ปาล์มจีบ ปาล์มยะวา ปาล์มไผ่ หมากงาช้าง หมากลิง ซึ่งท่านอาจหาความรู้เพิ่มเติมเอาได้จากเรื่องปาล์มโดยเฉพาะ นอกจากนี้ ก็มีพันธุ์ไม้พวกไผ่ เช่นไผ่เสฉวน ไผ่นํ้าเต้า ไผ่ต่าง ฯลฯ นอกจากนี้ก็มีพวกเฟิร์น ซึ่งเกือบทุกชนิดของพวกเฟิร์น สามารถนำมาปลูกเป็นไม้กระถางได้ดี บางชนิดก็ปลูกเป็นไม้กระถางแขวนได้ดีด้วย พวกปรงก็เป็นไม้ที่ชอบขึ้นในกระถางเช่นกันทั่ว ๆ ไปเราก็ใช้ปรงจีนหรือปรงญี่ปุ่นปลูก เป็นไม้กระถาง นอกจากปรงจีนหรือปรงญี่ปุ่นแล้วยังมีปรงอีกมากมายหลายชนิดที่ใช้ปลูกเป็นไม้กระถางได้ดี พวกสับปะรด ก็เป็นไม้กระถางได้ดีเพราะมีระบบรากฝอยตื้น ๆ พวกกระบองเพชร สลัดได หรือพวกซัคคิวเร้นท์ เช่นพวกหางจระเข้ ศรนารายณ์ ใบเสมา ก็ใช้ปลูกเป็นไม้กระถางได้ดี พวกไม้หัวมากมายหลายชนิดก็ใช้เป็นไม้กระถางได้ดี คนไทยมักเรียกกันว่าพวกว่าน เช่นว่านสี่ทิศ ว่านกวักแม่ทองใบ ว่านมหาเฆค ฯลฯ พวกบอนหรือพวกอะเรซีแฟมิลี่เช่นต้น กระดาษ บอนสีต่าง ๆ แก้วหน้าม้า ก็เป็นไม้กระถางได้ดี นอกจากนี้ยังมีพันธุ์ไม้ที่ใช้เป็นไม้กระถางได้อีกมากมาย เช่นพวกลิ้นแม่ยาย กาบหอยแคลง สาวน้อยประแป้ง และพวกกิ่งตอนไม้พุ่มต่าง ๆ เช่นพวกโกสน เล็บครุฑ หมากผู้ หมากเมีย ฯลฯ

ส่วนพวกไม้ดอกก็มีมากมายหลายชนิดให้เลือกมาปลูก เป็นไม้กระถางประดับได้ นับตั้งแต่ไม้ดอกล้มลุก พวกดาวเรือง ผีเสื้อ พีทูเนีย หงอนไก่ หรือพวกไม้ดอกยืนต้นเช่นกิ่งตอน แก้วเจ้าจอม กิ่งตอนแก้ว กิ่งตอนราตรี หรือพวกไม้ดอกกระถางเล็ก ๆ เช่นพวกอาฟริกันไวโอเล็ด ส่วนพวกไม้กระถางแขวนนั้นส่วนใหญ่ก็ใช้พวกเฟิร์น เช่นเฟิร์นรังนกหรือข้าหลวงหลังลาย แต่บางลักษณะก็ใช้ไม้เลื้อยที่ห้อยย้อยลง เช่นพวกเดฟ พวกโฮย่า พวกพลูด่าง หรือราชินีหินอ่อน หรือพวกแพรเซี่ยงไฮ้ หรือพอลตูไลก้าก็มีดอกเล็กหลายสี งดงามดี

นอกจากนี้ก็มีไม้กระถางที่ใช้ตั้งแต่ปลูกไม้เลื้อยโดยมีหลักปักอยู่ในกระถางให้เลื้อยซึ่งนิยมใช้พันธุ์ไม้พวกฟิลโล เดร็นดรอน เช่นพวกมรกตแดง มรกตดำ พวกซิงโกเนี่ยมพวกมอนสะเตอร่า ซึ่งมีลักษณะใบรูปร่างแปลก ๆ และมีสีสันของใบต่าง ๆ กันด้วย