ระบบการเลี้ยงสัตว์นํ้า ถ้าแบ่งตามหลักการให้อาหาร อาจแบ่งออกได้เป็น 3 ประเภท ดังนี้
1. การเลี้ยงสัตว์น้ำโดยไม่ให้อาหาร การเลี้ยงแบบนี้ปลาจะได้อาหารจากธรรมชาติแต่เพียงอย่างเดียว ผลผลิตที่ได้จากการเลี้ยงแบบนี้ขึ้นอยู่กับปริมาณอาหารจากธรรมชาติ การเลี้ยงมักจะไม่ได้ผลหรือผลผลิตตํ่าเมื่อเลี้ยงอยู่ในบ่อ แต่จะได้ผลผลิตสูงเมื่อเลี้ยงอยู่ในแหล่งน้ำขนาดใหญ่ที่อุดมสมบูรณ์ เช่น การเลี้ยงปลานวลจันทร์ทะเลในคอกที่ทะเลสาบลากูนา ในประเทศฟิลิปปินส์ หรือเลี้ยงปลาไนในกระชังธารน้ำไหลที่อุดมสมบูรณ์ด้วยสัตว์หน้าดินในเกาะชวา ประเทศอินโดนีเซีย
2. การเลี้ยงสัตว์น้ำโดยใช้ปุ๋ย การเลี้ยงแบบนี้ใช้ทั้งปุ๋ยอินทรีย์และปุ๋ยอนินทรีย์ซึ่งปุ๋ยทั้งสองชนิดนี้จะไปเพิ่มอาหารธรรมชาติในบ่อให้มีมากขึ้น การใช้ปุ๋ยจะได้ผลมากน้อยเพียงใดขึ้นอยู่กับปัจจัยที่เกี่ยวข้องหลายประการ เช่น คุณสมบัติของดินและน้ำ และชนิดของปลาที่ใช้เลี้ยง การเลี้ยงปลาโดยการใช้ปุ๋ยได้ผลดีในหลายประเทศ สำหรับประเทศไทยจะเห็นได้ชัดจากการทำนาปลาสลิดที่จังหวัดสมุทรปราการ หรือการเลี้ยงปลาจีนโดยการใส่มูลสัตว์ตามบริเวณชานเมืองของกรุงเทพฯ การเลี้ยงปลานิลโดยใช้มูลสุกร มูลไก่ ที่อำเภอบางกะปิ จังหวัดพระนคร
3. การเลี้ยงสัตว์นํ้าโดยการให้อาหาร การเลี้ยงแบบนี้ปลาที่เลี้ยงจะได้รับอาหารเพิ่มเติมจากที่มีอยู่เดิมแล้วในธรรมชาติ หรือรับอาหารจากที่ให้แต่เพียงอย่างเดียว ผลผลิตที่ได้สูงกว่าแบบที่ได้กล่าวมาแล้วทั้ง 2 แบบ เมื่อเทียบกับเนื้อที่ที่ใช้เลี้ยง อัตราการเจริญเติบโตของปลาที่เลี้ยงด้วยอาหารจะขึ้นอยู่กับคุณภาพของอาหารที่ให้นั้น
อย่างไรก็ตามในการเลี้ยงสัตว์น้ำทุกชนิดจากวัยอ่อนถึงขนาดโตพอส่งขายตลาด ซึ่งเป็นขนาดที่ใช้บริโภคนั้น มีความจำเป็นที่จะต้องเลี้ยงด้วยอาหารธรรมชาติและอาหารสมทบ อาหารธรรมชาตินั้นเราอาจหามาได้ตามแหล่งธรรมชาติของมัน และโดยวิธีการเพาะเลี้ยงขึ้นมา
